Zgodnie z regulaminem organizacyjnym Kancelarii Prezesa Rady Ministrów praca Kancelarii w zakresie realizacji zadań statutowych i regulaminowych opiera się na współdziałaniu komórek organizacyjnych. W przypadku prac związanych z promocją działań prezesa Rady Ministrów jednostki organizacyjne Kancelarii współpracują z Centrum Informacyjnym Rządu. Przy wykonywaniu zadania przez więcej niż jedną komórkę organizacyjną, szef Kancelarii, sekretarz albo podsekretarz stanu w Kancelarii wskazuje komórkę koordynującą.

Dyrektorzy kierują komórkami organizacyjnymi Kancelarii i opracowują wewnętrzny regulamin organizacyjny kierowanej przez siebie komórki. Regulamin określa strukturę organizacyjną, podział i sposób wykonywania realizowanych zadań. Dyrektor komórki organizacyjnej sporządza i przedstawia dyrektorowi generalnemu roczne sprawozdanie z działalności komórki organizacyjnej.

W przypadku likwidacji komórki organizacyjnej, dyrektor sporządza sprawozdanie z działalności komórki w terminie 7 dni od dnia jej likwidacji i przedstawia je dyrektorowi generalnemu.

W przypadku przejęcia całości lub części zadań likwidowanej komórki organizacyjnej przez istniejącą lub nową komórkę organizacyjną Kancelarii, dyrektor likwidowanej komórki przekazuje komórce przejmującej prowadzone protokołem zdawczo-odbiorczym w terminie 14 dni od dnia likwidacji komórki.

Zastępca dyrektora kieruje realizacją zadań komórki organizacyjnej w zakresie ustalonym przez dyrektora i zastępuje go w czasie nieobecności. Jeżeli w komórce organizacyjnej utworzono więcej niż jedno stanowisko zastępcy dyrektora, dyrektor wyznacza spośród nich osobę zastępującą dyrektora. W komórkach, w których nie utworzono stanowiska zastępcy dyrektora, dyrektor powierza zastępstwo wyznaczonemu pracownikowi. O zastępstwie dyrektor komórki organizacyjnej powiadamia wyznaczoną osobę oraz dyrektora generalnego i pracowników komórki.

Naczelnik wydziału lub koordynator zespołu kieruje odpowiednio wydziałem lub zespołem, zgodnie z regulaminem wewnętrznym komórki organizacyjnej.